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Após a evacuação de Big Boss e Kazuhira Miller da Base Mãe sitiada, um buraco de minhoca se abre no céu e absorve a usina offshore, bem como os soldados restantes da MSF. Os soldados são transportados para uma realidade alternativa junto com os restos da Base Mãe, onde encontram o mundo repleto de entidades hostis e cristalinas semelhantes a zumbis, conhecidas simplesmente como criaturas.
O objetivo deles é encontrar materiais e fazer tudo o que puderem para retornar ao seu mundo. Para encontrar esses materiais, os sobreviventes devem trabalhar juntos para matar as criaturas e explorar os arredores.