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FIFA 09 apresenta um sistema de colisão renovado e uma opção para 10 contra 10 partidas online "Be a Pro", e o novo recurso "Adidas Live Season", que atualiza todas as estatísticas dos jogadores em uma determinada liga com base na forma do jogador em tempo real vida. Embora o recurso seja ativado por meio de microtransações, os jogadores têm acesso a uma liga gratuita de sua escolha desde o momento em que ativam o serviço até o final da temporada 2008-09. O jogo online também foi aprimorado no FIFA 09, com um recurso chamado "Fifa 09 Clubs" que permite aos jogadores formar ou ingressar em clubes e colocar em campo seu time mais forte online. O jogo é o primeiro da série FIFA a apresentar comemorações de gol controladas pelo usuário.